Dưới đây là thủy trình tuyến kênh Nhà Lê, khởi đầu từ cố đô Hoa Lư và kết thúc ở khu kinh tế Vũng Áng thuộc khu vực Đèo Ngang vốn là ranh giới của Đại Cồ Việt và Chiêm Thành (dấu * để chú thích địa danh tuyến đường thủy đi qua)

Cố đô Hoa Lư*- sông Sào Khê - sông Vạc - Đức Hậu* - sông Nhà Lê (Yên Mô*) - Cửa Thần Phù - sông Tống - Ba Đình* - sông Lèn - Đò Lèn* - sông Mã - sông Nhà Lê (Nông Cống*) - sông Yên - sông Thị Long - sông Cây Giang - sông Vực Hùng - sông Thạch Luyện - sông Mỏ Đá - Hoàng Mai* - Cửa Cờn* - sông Mi Giang - sông Hàu - sông Me - sông Bùng - sông Nhà Lê (Diễn Châu*) - cầu Cấm* - sông Cấm - sông Đào - sông Lam - sông Nhà Lê (Hồng Lĩnh*) - Nghèn* - sông Nghèn - sông Đò Diệm - sông Cầu Phú - sông Gia Hội - sông Rác - sông Nhà Lê (Kỳ Anh*)- Thiên Cầm* - Đèo Ngang*.

Điểm đặc biệt là tuyến kênh nhà Lê cắt ngang qua hầu hết các sông tự nhiên của 4 tỉnh nói trên, do đó ngoài việc tạo thuận lợi kết nối giao thông đường thủy nó còn có vai trò điều tiết dòng chảy tự nhiên và phát triển kinh tế nông nghiệp.